Förutom IFK Nyköping spelade också 69 andra lag från 18 olika länder i Boys 16. De var uppdelade i 11 olika grupper, varav IFK Nyköping började i Group 11 tillsammans med Sotra SK, Furesø Håndbold, Team Kärnten, Eskilstuna Guif, BM Granollers and IK Sävehof 2. IFK Nyköping tog sig vidare till A-Play-off efter att ha hamnat på 3:e plats i Group 11. Därefter tog de sig till 1/16 Final, men förlorade den mot IK Sävehof 1 med 12-18. I finalen slog Niger United IK Sävehof 1 och vann därmed hela A-Play-off i Boys 16. IFK Nyköping deltog även i Boys 15 under Partille Cup 2013. Då tog de sig till 1/16 Final i A-Play-off, men förlorade den mot H43 Lund 1 med 9-11.